Настал конец эпохе Бакумацу. Как и в любой другой период, всё закончилось после свержения действующего сёгуната. Такасуги Шинсаку, ведомый мыслью о том, что можно управлять временем с помощью артефакта под названием Хронометр, вторгается на кораблю правительства. Находясь в раздумьях о том, стоит ли его разрушить или лучше оставить себе, парень упускает момент, когда Хронометр выкрадывает неизвестная девушка. Вместе с Кацурой Такасуги решает отправиться за нею.
Придя в Токио, куда незнакомка уволокла артефакт, ребята обнаруживают, что город полностью преобразился - тут явно замешана магия Хронометра. Пытаясь найти новых союзников, Такасуги решает побороть своих новых врагов и вернуть Токио в первоначальное состояние... Вернуть эпоху Бакумацу!