Действия аниме Школа Мертвецов разворачивается в старшей школе Фуджими. Комуро Такаши занимается своим любимым делом — прогуливает уроки. Правда на этот раз у него весомая причина: девушка ушла от него к другому из-за слабохарактерности парня. Уже ничего не поделать, но Такаши всё ещё считает, что лучше того ублюдка. Наступил вечер. Отчаявшийся прогульщик пошёл на крышу, где должны находиться его девушка, Миямомто Рей со своим новым парнем. Такаши увидел, как он пристаёт к Рей, а девушке это не нравится. Сначала он хотел просто ударить со всей силы, но незнакомец повернулся к Такаши лицом и тогда всё стало ясно. Этот парень оказался зомби, а Рей просто боялась его. Сначала закрывшись на крыше, они ничего не могли сделать, но решили выбираться поскорее, хотя на улице за это время зомби стало ещё больше.
В итоге все выжившие школьники разделились на две группы: Такаши и его команда: президент клуба кендо Бусуджима Саэко, отаку Хирано Кота, медсестра Судзука Марикава, "принцесса" Такаги Сая и Рей. Остальные отправились куда-то за город с лицемерным учителем Шидо Коичи. Их пути разошлись навсегда. Такаши с ребятами собираются поехать к дому Такаги, где точно есть убежище. Пусть путь может оказаться долгим и трудным, но ребята обязаны добраться живыми до точки назначения.
