В 2045 году искусственный интеллект значительно продвинулся вперед, и правительства используют его в качестве оружия в бесконечных войнах для поддержания своей экономики. Группа наемников майора Мотоко Кусанаги, ПРИЗРАК, привыкла к этой реальности. Однако стремительный прогресс в области технологий создает на горизонте новую опасность. Покинув 9-й отдел общественной безопасности, Кусанаги и ее команда участвуют в различных глобальных операциях, связанных с этими войнами через посредников. Во время, казалось бы, простой миссии по поиску торговца оружием ПРИЗРАК невольно втягивается в скрытый конфликт против кибернетически усовершенствованных людей, которые приобрели необъяснимый интеллект и физические способности, называемых «пост-людьми». Это появление запускает последовательность событий, ведущих к воссоединению Секции 9. С новой миссией Кусанаги и ее воссозданная команда должны не дать этим пост-людям вызвать глобальный хаос.
