Второй сезон аниме Психопаспорт продолжит рассказывать о тяжёлой работе инспектором молодой девушки Акане Тсунемори. Действия происходят спустя полтора года после событий первого сезона.
Акане Тсунемори продолжает работать инспектором агентства, наблюдая за порядком в мире. На помощь девушке была прислана новая инспектор, Мико Шимоцуки, молодая и наивная девушка, полностью доверяющая Сивилле и системе Психопаспортов. До сих пор Акане не может сложить всё произошедшее полтора года назад в одну картину, однако теперь старается не так сильно доверять системе, ведь Шинья Кагами ясно дал понять, что не любой преступник может быть преступником, так же, как и не любой законопослушный гражданин не обязательно следует правилам. Помимо новенькой в рядах инспекторов появляются и новые лица среди блюстителей, один из которых, Тоганэ Сакуя, кажется слишком умным, чтобы быть на исправительных работах.
Вскоре после поступления новичков выясняется, что в городе появился новый преступник, оставляющий за собой после преступлений определённый знак — надпись кровью "WC?". Акане и другие собираются вступить в очередную игру со смертью, главным в которой оказывается новый враг. Пусть сама она ещё не знает об этом, но встреча с таинственной личностью лицом к лицу заставит не только переосмыслить понимание системы Сивилла, но и свои взгляды на нынешний мир.
Я никуя не понимаю, чем занимаюсь, но я главная, а ты подчиненный.