Аниме Шарлотта разворачивается в мире, где сверхъестественные способности проявляются у небольшого процента подростков, часто с непредсказуемыми последствиями. Отосака Ю, на первый взгляд обычный ученик старшей школы, является одним из таких пользователей способностей, хотя он долго скрывал свои способности от окружающих. Способность Ю необычна: он может временно вселяться в других на пять секунд, давая ему контроль над их действиями. Хотя этот навык ограничен по времени, он позволил ему списывать на экзаменах и с легкостью ориентироваться в социальной иерархии своей школы. В сочетании с его природным обаянием и привлекательной внешностью Ю сумел занять положение относительной популярности, даже привлекая внимание девушек. Однако его истинная цель — завоевать сердце Сираянаги Юми, самой красивой девушки в школе. План Ю встречаться с Юми кажется безупречным, и ему даже удается назначить ей встречу. Но как только он думает, что его жизнь идет идеально, его мир переворачивается с ног на голову. Секретную способность Ю обнаруживают члены студенческого совета — Такаджо Дзёдзиро, который обладает способностью двигаться со сверхчеловеческой скоростью, и Томори Нао, президент студенческого совета, которая может становиться невидимой. Эти два пользователя способностей ловят Ю на мошенничестве и осознают истинную природу его способностей. Однако вместо того, чтобы разоблачить его, они делают ему неожиданное предложение: присоединиться к студенческому совету и использовать его способности, чтобы помочь выследить и защитить других пользователей способностей, которые могут находиться в опасности или злоупотреблять своими способностями. Неохотно Ю соглашается и таким образом начинает свое участие в серии миссий, где он и студенческий совет должны разоблачать злодеев, противостоять другим обладателям способностей и защищать хрупкий баланс сил в школе. Работая с Дзёдзиро и Нао, Ю обнаруживает, что все гораздо сложнее, чем он изначально думал. Раскрывается существование теневой организации, которая охотится на пользователей способностей, и природа его собственной силы начинает подвергаться сомнению. Способность Юя обладать другими не так безобидна, как он когда-то считал, и по мере того, как он глубже углубляется в секреты, окружающие способности, он узнает, что существует — или, по крайней мере, существовала — организация, занимающаяся захватом людей с особыми способностями для их собственных гнусных целей. Путешествие Юя становится не только борьбой за справедливость, но и личным стремлением понять правду о его силах и скрытых опасностях, которые подстерегают его и других пользователей способностей. С помощью своих новообретенных союзников Юй должен столкнуться с реальностью того, что он другой в мире, где такие различия и боятся, и эксплуатируют. По мере того, как ставки растут, границы между добром и злом размываются, и Юй вынужден принимать сложные решения, которые определят судьбу пользователей способностей по всему миру.