Однажды в регионе Канто Сатоши получает приглашение от профессора Юкинари Оокидо посетить церемонию открытия лаборатории профессора Сакураги в Вермиллион-Сити. Во время церемонии они получают предупреждение о возможном появлении редкого покемона в городской гавани. Сатоши и другие тренеры спешат в этот район, чтобы исследовать и обнаружить Лугию, легендарного покемона, сражающегося с другими тренерами. Сатоши решает, чтобы его партнер, Пикачу, атаковал Лугию с помощью молнии, но покемон остается невозмутимым и пытается сбежать. К удивлению Сатоши, он встречает другого мальчика, Гоу, который также едет на спине Лугии. Два мальчика отправляются в дикое приключение с Лугией, которое переносит их через моря, прежде чем их пути разойдутся. После встречи Сакураги впечатлен выводами Го и выводами Сатоши и просит их стать его партнерами по исследованию. Дуэт отправляется в путешествие, чтобы исследовать разные регионы и встретить новых покемонов, некоторые из которых способны к Гигантамаксированию.