После Второй мировой войны Япония создала тайное агентство, известное как «Бюро операций синоби» (SOB), для борьбы с экстремистскими угрозами и терроризмом в Тихоокеанском регионе. Уникальность агентства заключается в том, что его штат состоит исключительно из высококвалифицированных ниндзя. Со временем SOB получила международное признание за свою эффективность, имея разнообразную команду из двадцати тысяч ниндзя. Среди тех, кто стремится присоединиться к этой элитной силе, — Куро Кумогакуре, семнадцатилетний ученик средней школы. Несмотря на свои мечты, Куро считается неудачником в глазах своих сверстников и инструкторов из-за прошлых неудач в его обучении. Однако возникает неожиданная возможность, когда СОБ, столкнувшись с нехваткой кадров, решает нанять на неполный рабочий день помощь из гражданского населения. Куро пользуется этим шансом, желая совместить школьную жизнь со своей вновь обретенной ролью ниндзя на тренировках. Погружаясь в мир шпионажа, боевых действий и тайных операций, Куро обнаруживает сложную паутину политических интриг и международных заговоров, угрожающих хрупкому миру в Тихом океане. Его уникальная точка зрения, когда он был подростком посреди этого темного мира, дает свежий взгляд, ставя под сомнение мотивы власть имущих и бросая вызов традиционным практикам ниндзя. На протяжении всего сериала Куро не только оттачивает свои физические навыки и навыки ниндзя, но также преодолевает трудности, связанные с работой ниндзя по совместительству, студентом и повседневной жизнью. Его путешествие наполнено неожиданными союзами, предательствами и самопознанием. Вместе с разнообразной группой товарищей-ниндзя, каждый со своей историей и борьбой, Куро должен преодолеть свои предполагаемые ограничения и доказать, что он может быть ценным активом для SOB. По мере роста напряженности и эскалации угроз Куро и его команда раскрывают зловещий заговор, выходящий за рамки простого терроризма. Им предстоит соревноваться со временем, чтобы предотвратить катастрофическое событие, которое может погрузить весь регион в хаос. «Низкоквалифицированный ниндзя» исследуют темы идентичности, долга и размытых границ между героизмом и злодейством в мире, где тени скрывают как секреты, так и опасности.