Феномен экшн-дуэлей, где дуэлянты могут присоединиться к своим дуэльным монстрам в акробатических трюках, покорил мир. Благодаря революционному усовершенствованию система «Solid Vision» теперь может придавать массу дуэльным монстрам, производя революцию в игре. Юя Сакаки, сын Юшо Сакаки, провидца школы дуэлей You Show в Майами-Сити, оказывается в этом развивающемся мире. Его отец твердо верит, что дуэли — это средство приносить радость в жизнь людей, подчеркивая концепцию развлекательных дуэлей. Однако на пике своей славы Юшо таинственным образом исчезает, оставив после себя запланированную дуэль со Стронгом Исидзимой, действующим чемпионом Action Duel. Этот неожиданный уход оставляет неизгладимый след в жизни Юи, который полон решимости пойти по стопам своего отца и стать дуэлянтом в индустрии развлечений. Несколько лет спустя, в ожесточенной битве против Сильного Исидзимы, непоколебимое желание Юи выйти победителем вызывает экстраординарное событие. Его кулон начинает излучать чарующее свечение, превращая его карты в карты-маятники. Эта вновь обретенная сила позволяет ему использовать Призыв маятника, совершенно новую технику призыва, ранее неизвестную миру, которая мгновенно приводит его к славе. После своего внезапного взлета Рейджи Акаба, генеральный директор Leo Corporation и вдохновитель престижной Школы дуэлей Лео, принимает меры. Он начинает создавать новые карты маятника, плавно интегрируя вызов маятника в систему дуэлей. В результате тайны, окружающие Призыв маятника и отца Юи, начинают раскрываться, постепенно открывая путь, по которому Юя должен идти, чтобы стать настоящим дуэлянтом в сфере развлечений.