После победы над загадочным противником Юма Цукумо при помощи Кайто Тендзё и Рёги «Акула» Камиширо успешно разрушил зловещие планы барианцев. Тем не менее, путешествие Юмы еще далеко от завершения, поскольку он остается стойким в своем стремлении вернуть числовые карты и тем самым восстановить утраченные воспоминания Астрала. Семь барианских императоров, хотя и не все из них в настоящее время присутствуют, вскоре узнают о продолжающейся миссии Юмы и Астрала. С решительной решимостью они нацелились на получение числовых карт, поскольку это соответствует их конечной цели — уничтожению царства Астрала в обмен на спасение их собственного мира. Хотя физически присутствуют только пять императоров, они едины в своем единогласном решении уничтожить Астрала и Юму раз и навсегда. Между тем, в другом уголке этого сложного повествования Астрал и Юма используют свои новообретенные силы ЗЕКСАЛА, чтобы противостоять надвигающимся силам противника, которые представляют серьезную угрозу не только для Земли, но и для всей вселенной. «Yu☆Gi☆Oh! Zexal Second» раскрывает слои тайн и неожиданных проблем, которые возникают после недавних триумфов Юмы. Пока Астрал пытается примирить свое прошлое и возможные последствия, которые оно несет, остается вопрос: улыбнется ли удача Юме еще раз, когда он отправится в еще одно опасное приключение, на этот раз против грозных Барианских Императоров?