Вселенная Duel Monsters снова находится в процессе трансформации, отмеченной появлением революционной сети под названием Link Vrains и введением новой техники призыва, известной как Link Summoning. Эта сеть позволяет дуэлянтам создавать свои персонализированные аватары и участвовать в захватывающих дуэлях в виртуальной реальности. Однако, как и в реальном мире, цифровая сфера не застрахована от опасностей раздора, конфликтов и загадок. Несколькими годами ранее загадочная хакерская организация «Рыцари Ханоя» начала разрушительную атаку на Link Vrains. Возглавляемые загадочной фигурой Револьвером, их основной целью было уничтожение сущности искусственного интеллекта под названием Киберсе. Хотя их первоначальная попытка провалилась, одной из намеченных целей, Игнису, удалось избежать захвата и спрятать Киберса где-то внутри сети. Перенесемся на пять лет вперед: старшеклассник Юсаку Фуджики сталкивается с необычной программой искусственного интеллекта во время дуэли в Link Vrains. Приняв на себя альтер-эго Плеймейкера, Юсаку вместе со своим сообщником Сёичи Кусанаги заключает союз с этим загадочным существом. Отправляясь в путь, чтобы разгадать загадку загадочного инцидента из прошлого, Юсаку противостоит грозным рыцарям Ханоя и влиятельной компании SOL Technologies. Эта эпическая гонка со временем может изменить судьбу самого мира.